소현세자의 죽음을 두고 독살이라는 소문은 떠돌았지만 인조는 이에 대한 조사를 피했으며 소현세자의 진료를 맡은 어의를 처벌하지도 않았다. 간혹 조선에서는 병의 치료를 위해 독약이나 극약을 사용하기도 했는데 왕실에서의 독살사건을 막기위해 독살을 막기 위한 도구들도 존재했다. 하지만 세자의 치료에 독약을 사용했다는 기록은 없으며, 이러한 도구들이 있었음에도 불구하고 시신이 독살된 모습을 하고 있었다는 것은 왕실 내에 힘 있는 자가 소현세자의 죽음을 의도적으로 계획하였음이라고 생각할 수 밖에 없었다. 그러한 상황에서 인조는 의료진을 처벌하지 않았고, 과거 인조의 소현세자를 향한 태도로 미루어보아 사람들은 인조가 소현세자를 죽였다는 가정도 배제할 수 없었다.

 실로 인조는 반정으로 광해군을 몰아내고 왕이 된 사람으로써 자신도 언제 반란으로 내쳐질지 모른다는 두려움을 가지고 있었던 인물이라고 한다. 그런 그에게 소현세자의 입국은 포로생활을 마치고 돌아온 아들의 만나는 아버지의 기쁨 어린 부정(父情)이 아닌 왕의 자리를 노리는 아들의 귀국을 부정(不正)하는 마음이 더 컸을지도 모르는 것이었다.

인조의 불안함이 낳은 비극은 여기서 그치지 않았다. 원래 세자가 죽으면 왕세자의 맏아들인 원손이 대를 잇는 것이 왕실의 법인데 인조는 소현세자의 동생인 봉림대군을 세자로 책봉한다. 그에 그치지 않고 독살사건의 배후로 소현세자의 세자빈인 강씨를 지목하여 사사하고 그녀의 아들들은 제주로 유배를 보내게 되는데, 전염병으로 인해 첫째와 둘째가 죽는 것으로 소현세자 일가의 비극은 끊이질 않았다.

 이렇듯 소현세자의 죽음에 대한 많은 의혹이 아직 풀리지 않은 미궁으로 남아있었고, 오늘날 사람들은 덕 있고 현명한 소현세자의 죽음을 안타까워하고 있다. 효종이 아닌 소현세자가 인조의 뒤를 잇는 조선의 왕이 되었다면 조선후기의 사회는 어떻게 달라졌을까?