필리핀의 내전은 종교와 사상의 차이에 의해 발생했다. 과거 스페인, 미국, 일본의 식민통치를 경험하면서 나타난 종교적, 사상적 차이가 국민들을 공산계 반군과 회교도 집단으로 나누어 이들 사이에 무장투쟁이 이루어지고 있다. 공산계 반군의 대표는 신인민군(NPA)으로 1970년대 후반과 1980년대에 필리핀의 많은 지역을 장악했지만 NPA는  최근 정부군의 군사압력과 세계적으로 공산주의가 퇴보하는 분위기에 의해 약해졌고, 2002년 8월 미국에 의해 해외 테러집단으로 지정되었다. 

   한편, 13세기경에 이슬람교가  필리핀에  들어오면서 15세기에 여러 지역으로 전파되었지만 스페인 지배기간동안 전역이 가톨릭화 되고, 미국의 식민통치 기간에 이슬람교도 거주 지역으로 비이슬람교도들을 강제이주 시키면서 가톨릭과 이슬람교도 사이의 갈등이 일어나기 시작했다. 이후 1948년 독립 이후에 국민의 80% 이상을 차지하던 가톨릭계가 권력을 독점하면서 이슬람계를 차별하고 학대했는데, 그러던 중 1971년 마르코스 정부가 모로족을 학살한다. 이로 인해 단순한 갈등에 불과하던 것이 내전으로 확대되어 모로민족해방전선(MNLF)이 결성되었다 . 잠시 두 집단 사이에 휴전이 성립되기도 했으나 지난 24년 동안 계속된 반군의 무력항쟁은 많은 사람들이 희생을 감수해야 했다.

 아직까지도 반정부활동은 계속되고 있다. 반군은 '아부 사이야프', '모로민족해방전선(MNLF)', '모로이슬람해방전선(MILF)' 등으로 분리되어 남부 민다나오섬 부근에서 교전을 벌이고있다.